Аумағы бойынша Марқакөл облыстағы көлдердің ішінде төртінші орында. 455 км²-ге тең. Көл альпілік зонада теңіз деңгейінен 1447 метрде орналасқан. Оны Күршім және азутау жоталары қоршап жатыр.

Марқакөлдің тереңдігі 27 метр. Көлдің сұлулығы мен суының мөлдірлігі таңдай қақтырады. Мұнда барлығы жүзге жуық өзендер мен бұлақтар құяды, одан ағып шығатын жалғыз Қалжыр өзені.

Осы жерде Марқакөл мемлекеттік табиғи қорығы орналасқан.

Көлдің маңаындағы флорасы өсімдіктің 700 түрінен, фаунасы — сүтқоректілердің 55 түрінен тұрады. Қорғалатын өсімдіктердің ішінде — самырсын қарағай, лилия-саранка, алтай акониты. Көлдің негізгі байлығы сібір майқаны — албырт тұқымдас балық болып табылады. Бұл балық Қазақстан бойынша тек Марқакөлде ғана бар. Көл маңындағы сирек кездесетін жануар деп құдырды атауға болады, ол Қазақстанның басқа аймақтарында кезікпейді.

Көлдің атауы XVIII ғасырдан белгілі. Жоңғарлар Шығыс Қазақстанның территориясынан қуылғаннан кейін малшылар бай альпілік жайылымдарды игере бастайды. Сол кезде тұщы, таза сулы осы көлді табады. «Марқа» — бір жасар қозының терісі. Көлдің бұлай аталуы оның жағалауы осы қозының терісіне ұқсас болып келеді екен.

Марқакөлге келген атақты зерттеушілер: П.П. Семенов-Тян-Шанский, К.В. Струве, Г.Н. Потанин, В.В. Сапожников.